Artículo de revista
Distancias genéticas entre perfiles moleculares obtenidos desde marcadores multilocus multialélicos
Genetic distances between molecular profiles obtained from multilocus-multiallele markers
Bruno, Cecilia
Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Cátedra de Estadística y Biometría.
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Balzarini, Mónica
Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Cátedra de Estadística y Biometría.
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Publicado en el 2010 en
Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias,
Vol. 42, no. 2
Idioma:
Español
Resumen:
Español
Para expresar la magnitud de la identidad
genética (similaridad) o su complemento
(distancia) entre dos individuos caracterizados
molecularmente a través de marcadores del
tipo microsatélites (SSR), que son multilocusmultialélicos,
es necesario elegir una métrica
acorde con la naturaleza multivariada de los
datos. Comúnmente, las métricas de distancias
genéticas son diseñadas para expresar,
en un único número, la diferencia genética
entre dos poblaciones y son expresadas como
función de la frecuencia alélica poblacional.
Dichas métricas pueden también ser utilizadas
para calcular la distancia entre perfiles individuales,
pero las frecuencias alélicas no son
continuas en este caso. Alternativamente, se
pueden usar distancias geométricas obtenidas
como el complemento del índice de similaridad
para datos binarios que indican la presencia/
ausencia de cada alelo en un individuo. El
objetivo de este trabajo fue evaluar simultáneamente
el desempeño de ambos tipos de
métricas para ordenar y clasificar individuos en
una base de datos generadas a partir de loci
de marcadores microsatélites SSR. Se calcularon
11 métricas de distancias a partir de 17
loci SSR obtenidos desde 17 introducciones
de un banco de germoplasma de soja [Glycine
max (L.) Merr.]. Se evaluó el consenso de
los resultados obtenidos para la clasificación
de los 17 perfiles moleculares desde varias
métricas. Los resultados sugieren que los
diferentes tipos de métricas producen información
similar para comparar individuos. No
obstante, se realizó una clasificación de las
métricas que responden a diferencias entre
los núcleos de las expresiones de cálculo.
Inglés
In order to express the magnitude of the
genetic identity (similarity) or its complement
(distance) between individuals genotyped with
microsatellites (SSR), which are multilocusmultiallele
markers, is necessary to choose
a metric in agreement with the multivariate
nature of the marker data. Most of the metrics
of genetic distances were designed to express,
as a single quantity, the genetic difference between
two populations and they are expressed
as function of population allele frequencies.
Such metrics can also be used to calculate
distances between individual profiles, but the
allele frequencies are not longer continuous.
On the other hand, geometric distances obtained
as complement of similarity indexes for
binary data indicating allele presence/absence
in each individual, are commonly used for
pairwise individual comparisons. However,
they do not take into account the nested
allele within locus structure of SSR data. The
objective of this work was to simultaneously
evaluate the performance of both metric types
to order and classify individuals in a multivariate
basis generated by the use of SSR loci.
We applied 11 different distance metrics to a
dataset involving 17 SSR loci obtained from
17 entries of a soya [Glycine max (L.) Merr.]
germoplasm, and evaluated the consensus in
the results obtained from the classification of
the 17 molecular profiles from severl metrics.
The results suggest that most of the evaluated
metrics yield similar information about marker
profiles in the context of pairwise individual
comparisons. We provide a kernel-based
metric classification.
Disciplinas:
Palabras clave:
Descriptores:
Bruno, Cecilia; Balzarini, Mónica (2010) "Distancias genéticas entre perfiles moleculares obtenidos desde marcadores multilocus multialélicos: ". En: Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias, Vol. 42, no. 2, p. 171-182.
Dirección URL del artículo: https://bdigital.uncu.edu.ar/6522.
Fecha de consulta del artículo: 18/05/24.
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